Dictyostelium discoideum cDNA Contig-U11158-1

Assembled

Chromosomal Location of Contig-U11158-1

NO HIT FOUND.

Sequence Contig-U11158-1

ACATCCACAC CAATCCCAAA CACAATGATT TCAAATCATA ATAAAATAAA
TAATATTGAT AATAATAAAA AGTGTACACT TCACCCAAAT AAAGATATAG
TATTCTTTTG TTTAGATTGT AAATTAATAC CATGTTGTAT TCAATGTACA
TCAAGTAAAG GTGAACATCA TGGTCATAAA ACTGATCCAT TAGAATCAAC
TTCAAATATT CTTTCATTAA TGAATAATTT TAAAAATGAT ATATACCAAA
AAGTAATTGA AAGAATAGAA ATCAATGAAA CAATATTACA AGAATCAAAT
GATAAATACA ATGAAATTCA ATCACAATTT GATATTAATA ATAATTCATT
AAAAAAAGAA ATTAAAAAAA TTCATGATAT CATTTCAATC ATAGAATTAG
ATATTAAAAA ACAATTAGAA ACAACCTTTG AAAATAATAC ATTAATAAAT
ACAATTATAA CTTCTTCAAT CAATAATGAT AATCAAATAC TTTCAACTAT
AATTAATAAT AATAATGAAA ATGAAAATGA TAGAACTACA ACTATTGAAA
AATTAAATGA AATTATAAAA TTTAATGATC AACAAATTTA TGATAATGGG
AGAAGATTTT ATTATTGATA GAGATACAAT TAAAATTATT AAACAATATC
AACAATCATT AATAGTATTA AATAATAATA ATAATATCAA TAATTCAAAT
AAATTAAATG AAAACGATAA TCAAATCATT CATTTCCATA ATCAAATAAT
TGATGATATT AAAAATAATT TAAAATCAAT TTATTTCTTA AATAATTGTA
GATTTATAAT TGAAATCGAT GAAAATAATA ATAAATTTTT TAAATGGGAT
AATTTAAAGT TTTATGTTTA TATAGAGGGT AATTCATTTA AATTTAAGGA
GAATGAAGGT ACAGCATTCA AAAACAATTG TAATATTTTA TCAAAATTAA
AAAATCAATT ACCATCAACT GTAATGCTAT TGGATGGATT CAATCAAAAA
TTAACACCTG GTATATTACC AGATGGCGTT GAATCCTTGT ATTTAGGTGA
TATTAAACAA GAATTAATAA TTGGTTCAAT TCCTAATACT GTAATCCATG
TCTCTTTATT GGATGGATTC AATCAAATAT TAACACCATG CATATTACCA
GATAGTATTA AATCCTTGTA TTTAGGTGAT ATTAAACAAG AACTAATGAT
TGGGTCAATT CCTAATACTG TAACTCTTGT CTCTTTAAAA GATGGATTCA
ATCAAAAATT AACACCAGGT ATATTACCAG ATGGTGTTAA ATCCTTGTAT
TTAGGCGATA TTAAACAAGA ATTAATAATT GGTTCAATTC CTAATACTGT
AACTCGTGTT ACTTTAAAAG ATGGATTCAA TCAAAAATTA ACACCAGGTA
TATTACCAGA TGGTGTTGAA TCGTTGCGTT TAGGCGATAT TAAACAAGAA
TTAATAATTG GTTCAATTCC TAATACTGTA AAGGAAGTAA AAGTTTTCAC
AAGTTTTAAA CATCAAATTG AACCTTATGT TTCAAAAAAT GTAAAAATAA
TTAAATAGAA TTCAGAAAAA TAACATTAGG GTTAAATTAA ACA-------
---TTACCAG AAAGTGTTGA ATTGTTGTAT TTAGGGGATA TTAAACCAAG
AATTAATAAT TGGTTCAATT CCNTAATACT GTAACGAGTG TCTCTTTAAA
AGATGGATTC AATCAAAAAT TAACACCACG GTATATTACC AGAATAGTGT
TGGATTGTTG TATTTAAGCG ATATTAAACA AGAATTAATA ATTGGTTCAA
TTCCTAATAC TGTAACGNCA TGTCTCGTTA GAAGATAGGT TCAATCAAAA
ATTAACACCA GGTATTNTAC CAGAAGGTGT TGAATCGTTG TATTTAGGTG
ATATTAAACA AGAATTAATG ATTGGTTCAA TTCCTAATAC TGTAACTCAT
GTCTCTTTAG AAGATGGATT TAATCAAAAA TTAACACCAG GTATTNTACC
AGATAGTGTT GAATCGTTGG ATTTAGGTGA TATTAAACAA GAATTAATAA
TTGGTTCAAT TCCTAATACT GTAAAGAGTG TCNCTTTAGA AGATGGATTC
AATCAAAAAT TAACACCAGG TATATTACCA GATGGTGTTG AATCGTTGAA
TTTAGGCGAT ATTAAACAAG AATTAATAAT TGGTTCAATT CCTAAAACTG
TAACTCTGTC TCTTTATTGG ATGGATTCAA TCAAATATTA ACACCATGCA
TATTACCAGA TAGTGTTAAA TCCTTGTATT TAGGTGATAT TAACCAAGAA
TTAATGATTG GTTCAATTCC TAATACTGTA ACTCTTGTCT CTTTATTGGA
TGGATTCAAT CAAATATTAA CACCAGGTAT TTTACCAGAA AGTGTTAAAT
TGTTGTATTT AGGTGATATT AAACAAGAAT TAATAATTGG TTCAATTCCT
AATACTGTAA CGAGTGTCTC TTTAAAAGAT GGATTCAATC AAAAATTAAC
ACCACGTATA TTACCAGAAA GTGTTGGATT GTTGTATTTA GGCGATATTA
AACAAGAATT AATAATTGGT TCAATTCCTA ATACTGTAAC GAATGTCTCG
TTAGAAGATA GGTTCAATCA AAAATTAACA CCAGGTATAT TACCAGAAGG
TGTTGAATCG TTGTATTTAG GTGATATTAA ACAAGAATTA ATGATTGGTT
CAATTCCTAA TACTGTAACT CATGTCTCTT TAGAAGATGG ATTTAATCAA
AAATTAACAC CAGGTATTCT ACCAGATAGT GTTGAATCGT TGGATTTAGG
TGATATTAAA CAAGAATTAA TAATTGGTTC AATTCCTAAT ACTGTAAAGA
GTGTCACTTT AGAAGATGGA TTCAATCAAA AATTAACACC AGGTATATTA
CCAGATGGTG TTGAATCGTT GAATTTAGGC GATATTAAAC AAGAATTAAT
AATTGGTTCA ATTCCTAATA CTGTAAAGGA AGTAAATGTT TCCACAAGTT
TTAAACATCA AATTGAACCT TATGTTTCAA AAAATGTAAA AATAATTAAA
TAAGGAATTT GCAGAGTGCT TTATTTTTAA TGTTGAATAA AACAATTTCT
AGTACTGTAA ATGTTTCCAA AAGTTTTAAA CTACAAAAAA AATCAAATCA
AATCAAATCA AATCAAAAAT CGTTTCTTGT CAAAATTAAA TTAAATTAAA
TTAAATTATA CCAAATCAAA T

Translated Amino Acid Sequence Contig-U11158-1

ihtnpkhndfks**nk*y****kvytspk*rysillfrl*intmlysmyik*r*tsws*n
*sirinfkysfine*f*k*yipksn*knrnq*nnitrik**iq*nsiti*y***fikkrn
*kns*yhfnhriry*ktirnnl*k*yinkynynffnq***sntfnyn*****k*k**nyn
y*kik*nyki**stnl**wekilllieiqlkllnninnh**y*iiiiisiiqin*mktii
ksfisiik*lmilkii*nqfis*iivdl*lksmkiiinflngii*sfmfi*rvihlnlrr
mkvqhsktivifyqn*kinyhql*cywmdsikn*hlvyyqmalnpci*vilnkn**lvqf
lil*smslywmdsiky*hhayyqivlnpci*vilnkn**lgqflil*llsl*kmdsikn*
hqvyyqmvlnpci*ailnkn**lvqflil*lvll*kmdsikn*hqvyyqmvlnrcv*ail
nkn**lvqflil*rk*kfsqvlniklnlmfqkm*k*LNRIQKNNIRVKLN---

---LPESVELLYLGDIKPRINNWFNSXIL*rvsl*kmdsikn*hhgilpe*cwivvfkry
*trinnwfns*ycnxmsr*kigsikn*hqvxyqkvlnrci*vilnkn**lvqflil*lms
l*kmdlikn*hqvxyqivlnrwi*vilnkn**lvqflil*rvsl*kmdsikn*hqvyyqm
vlnr*i*ailnkn**lvqflkl*lclfigwiqsnintmhitr*c*ilvfr*y*prindwf
ns*ycnsclfigwiqsnintryftrkc*ivvfr*y*trinnwfns*ycneclfkrwiqsk
inttyitrkcwivvfrry*trinnwfns*ycneclvrr*vqskintryitrrc*ivvfr*
y*trindwfns*ycnsclfrrwi*skintrystr*c*ivgfr*y*trinnwfns*yckec
hfrrwiqskintryitrwc*ivefrry*trinnwfns*yckgskcfhkf*tsn*tlcfkk
cknn*irnlqsalflmlnktisstvnvsksfklqkksnqiksnqksflvkikln*iklyq
ik

Homology Contig-U11158-1 vs CSM-Contig

Sequences producing significant alignments:                        (bits)  Value


Contig-U11158-1 (Contig-U11158-1Q) /CSM_Contig/Conti...  3007  0.0
Contig-U12559-1 (Contig-U12559-1Q) /CSM_Contig/Conti...   498  e-140
Contig-U10404-1 (Contig-U10404-1Q) /CSM_Contig/Conti...    48  6e-05
Contig-U11711-1 (Contig-U11711-1Q) /CSM_Contig/Conti...    44  0.001
Contig-U09506-1 (Contig-U09506-1Q) /CSM_Contig/Conti...    44  0.001
Contig-U13882-1 (Contig-U13882-1Q) /CSM_Contig/Conti...    42  0.004
Contig-U11857-1 (Contig-U11857-1Q) /CSM_Contig/Conti...    42  0.004
Contig-U09476-1 (Contig-U09476-1Q) /CSM_Contig/Conti...    42  0.004
Contig-U11755-1 (Contig-U11755-1Q) /CSM_Contig/Conti...    40  0.015
Contig-U11670-1 (Contig-U11670-1Q) /CSM_Contig/Conti...    40  0.015

Homology Contig-U11158-1 vs DNA

Sequences producing significant alignments:                  (bits) Value  N


(BJ408614) Dictyostelium discoideum cDNA clone:dds46k11, 3' ...  1515   0.0    1
(BJ407948) Dictyostelium discoideum cDNA clone:dds44m06, 3' ...  1439   0.0    3
(BJ409147) Dictyostelium discoideum cDNA clone:dds39g13, 3' ...  1433   0.0    2
(BJ348253) Dictyostelium discoideum cDNA clone:dda32l17, 3' ...  1396   0.0    4
(BJ403237) Dictyostelium discoideum cDNA clone:dds24a18, 3' ...  1392   0.0    3
(BJ384507) Dictyostelium discoideum cDNA clone:ddc49p16, 3' ...  1338   0.0    3
(BJ339974) Dictyostelium discoideum cDNA clone:dda11l06, 3' ...  1189   0.0    1
(BJ438847) Dictyostelium discoideum cDNA clone:ddv38l16, 3' ...  1152   0.0    1
(BJ436243) Dictyostelium discoideum cDNA clone:ddv30d15, 3' ...  1130   0.0    1
(BJ379561) Dictyostelium discoideum cDNA clone:ddc35c12, 3' ...   613   0.0    6

Homology Contig-U11158-1 vs Protein

Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value


(Q94481) RecName: Full=FNIP repeat-containing protein cigB;           352   e-139
U66528_1(U66528|pid:none) Dictyostelium discoideum CigB (cigB) m...   352   e-139
AC116982_8(AC116982|pid:none) Dictyostelium discoideum chromosom...   304   1e-80
(Q54FS2) RecName: Full=FNIP repeat-containing protein DDB_G02906...   250   3e-71
(Q54FS1) RecName: Full=FNIP repeat-containing protein DDB_G02906...   247   2e-63
AC115604_12(AC115604|pid:none) Dictyostelium discoideum chromoso...   237   2e-60
AC115680_16(AC115680|pid:none) Dictyostelium discoideum chromoso...   158   5e-53
AC115612_2(AC115612|pid:none) Dictyostelium discoideum chromosom...   178   1e-52
AC114265_1(AC114265|pid:none) Dictyostelium discoideum chromosom...   181   2e-43
AC116987_15(AC116987|pid:none) Dictyostelium discoideum chromoso...   173   4e-41